2001년 처음 선보인 FJR1300 은 스포츠바이크의 스포티함과 투어러의 편안함을 접목시킨 바이크였다. 스포츠 바이크들에 비해서야 훨씬 투어러에 가깝지만, 또 투어러쪽의 시각에서 본다면 스포츠 바이크에 가까운... 스포츠 바이크와 투어러의 장점을 융합시킨 바이크인 것 이다. 경쟁모델인 HONDA 의 ST 나 BMW 의 GT나 ST 등에 비해서도 훨씬 가볍고 또한 빨랐다. 하지만 FJR 은 스포츠성을 강조하다보니 투어러로써의 안락함이 경쟁모델에 비해 떨어진다는 지적을 받았으며, 이에 야마하는 가벼운 운동성능을 다소 희생하면서 2006년형 FJR은 보다 투어러적인 성향이 강하도록 탄생시켰다. 2006년형 FJR1300은 초기등장했던 FJR1300에 비해서 무려 27kg 이나 무거워졌으니 말이다.

하지만, 이 녀석의 주된 용도를 생각하면 늘어난 무게로 인해 희생된 운동성능보다 보다 충실한 투어러적인 장비들을 반가워 해야 할 것 이다. 이전 모델에선 선택옵션이었던 전자식ABS를 기본사양으로 넣은 점도 마음에 든다.

또, 2006년형 FJR1300 은 전자동 클러치 사양의 모델이 별도로 판매된다. FJR1300AS 혹은 AE 라는 모델명으로 팔리는 이 사양은 분명 수동기어를 장착한 바이크이지만, 기어 변속시 컴퓨터에 의해 클러치 조작이 자동으로 되도록 되어 클러치 레버의 조작의 필요가 없어졌으며, 쉬프트페달로의 변속은 물론 좌측핸들의 변속레버로도 변속이 가능하도록 되었다. 이로써 장거리 투어링중 보다 편안한 주행이 가능하게 되었다. 또한 이 모델은 열선그립을 기본장비한다.

1,298cc 의 엔진은 기존과 동일하다. 전영역에서 뛰어난 토크를 보여준다. 5단 미션의 최종기어는 베벨타입으로 드라이브 샤프트와 바로 연결되도록 되어 있다. 이전 모델에 비해서 최정감속비가 변경되어 동일 속도에서도 보다 낮은 rpm 으로 주행가능하다.

새로이 적용된 곡면형 라디에이터는 냉각효율을 높이고 있으며, 트윈링 쿨링팬을 적용 주행풍만으로 냉각이 힘든 도심지등에서의 엔진 온도 상승을 막아주고 있다.

AS(AE) 모델에 적용된 YCC-S (Yamaha Chip Controlled Shift) 시스템. 유압식 클러치 앞쪽에 컨트롤 장치가 붙어 있음을 알 수 있다.

YCC-S 시스템은 쉬프트 페달, 혹은 우측핸들의 쉬프트 레버를 작동시킬 경우 이를 감지하여 컴퓨터가 클러치를 자동으로 작동시켜주는 전자식 클러치 시스템이다.

보다 샤프해진 모습의 어퍼 둘레, 전동식으로 조절되는 윈드스크린은 그 작동범위가 보다 커졌다.

새로이 적용된 계기반은 대형 스피드미터를 중심으로 좌측에 타코미터를, 우측에는 디지털 액정 디스플레이를 장비한다.

디지털 액정디스플레이는 적산/구간거리표시, 시계, 수온계,연료잔량계의 기본적인 표시는 물론, 기어단수와 현재 연비, 평균연비, 외부온도등 다양한 정보를 표시한다.

320mm 플로팅 디스크와 NISSIN 제 4포트 캘리퍼를 채용한 프런트 브레이크 시스템. 급제동시 타이어가 락 되는 것을 방지하는 전자식 ABS (Anti-lock Brake System) 가 기본 채용됨은 물론, UBS (Unified Braking System)을 채용한다.

UBS 시스템은, 전후 연동 브레이크 시스템으로, 전륜 브레이크 레버를 작동시 전륜 브레이크 캘리퍼의 피스톤 총 8개중 6개와 리어브레이크 캘리퍼 2개가 작동되며, 후륜 브레이크 작동시 리어브레이크 캘리퍼 2개와 프런트브레이크 캘리퍼 8개중 나머지 2개가 작동된다. 전/후 브레이크를 모두 작동시켰을 때 전륜 8개, 후륜 2개의 모든 캘리퍼 피스톤이 작동하게 되는 시스템이다.

후륜브레이크 시스템은 282mm 디스크와 2피스톤 캘리퍼를 싱글로 장비한다.

프런트포크는 인너튜브구경 48mm 의 대구경 정립식포크는 초기하중은 물론 압축/신장측 조절이 가능한 타입

핸들은 3포지션으로 앞/뒤로 각을 조절할 수 있으며, 최대 1/2 인치까지 조절 가능하다. 탑브릿지에 연결된 부분의 커버를 열면 프런트 포크 어드저스터가 나온다.

2단 분리타입의 시트. 운전자용 시트의 높이는 HIGH 와 LOW 두단계로 25mm 가량 조절 가능하다.

2개의 테일램프와 2개의 턴시그널램프 총 4개가 모두 분리되어 있던 종전 모델과 달리 좌우측으로 나뉘어져 합쳐져있는 모양 (실제로는 분리된) 으로 바뀌엇다. 턴시그널 램프는 클리어 타입을 적용

무릎 앞쪽의 페어링은 좌우로 여닫을 수 있는 구조로 되어 있다. 이 페어링을 열 경우 무릎으로 바로 바람이 전달되도록 되어 있다.

계기반 좌측옆에 수납공간내에는 시가잭 전원을 장비하여 GPS 나 휴대폰 충전기등의 장치에 전원을 공급할 수 있다.