1992년 CBR900RR 을 시작으로 한 혼다의 리터급 슈퍼스포츠바이크, 매2년마다 진화를 거듭하며 발전을 거듭하여 왔다. 하지만 경쟁모델들과의 출력경쟁에서 배기량의 열세로 인해 부족함을 보였고, 혼다는 2004년 998cc 급 엔진을 장착한 CBR1000RR 을 출시하기에 이른다. 그리고 2년마다의 모델체인지 주기에 맞도록 2006년 모델을 발표하였다.

최고출력과 최대토크의 변화는 없지만, 압축비를 높이고 엔진 각부의 경량화를 실현하여 고회전에서 보다 펀치력 있는 엔진으로 탄생하였으며, 3kg 의 감량과 각부의 미세한 변경으로 인해 코너링 성능이 향상되었다.

보다 날카로운 코너링을 위해서 스티어링쪽의 변화를 두었는데,

캐스터각이 기존 23도45분에서 23도30분으로 미세하게 변화하였으며, 트레일도 102mm 에서 100mm 로 변화되었다.

5mm 짧아진 스윙암과 변화된 캐스터,트레일로 인해서 휠베이스가 10mm 짧아졌다.

냉각계통에도 경량화를 추진하였는데, 기존의 라디에이터에 비해 보다 좁고 효율이 높도록 설계된 라디에이터는,

기존제품에 비해 500g 이나 경량화 되었으며, 새로이 적용된 냉각호스들과 함께 총 700g 의 경량화를 이루었다.

엔진은 보다 고회전형으로 진화되었다.

압축비는 기존 11.9:1 에서 12.2:1 로 압축비가 0.3 올라갔으며, 고회전에 걸맞도록 새로운 듀억컨센트릭 밸브 스프링을 채용, 정확하고 바른 밸브 개폐를 실현시키고 있다. 또한 캠샤프트를 보다 얇게 만들어 450g 의 감량을 하는등의 변화를 거쳤으며, 이로써 엔진의 레드죤도11,650rpm 에서 12,200rpm 으로 향상되었다.

엔진헤드 커버는 기존 알루미늄에서 마그네슘 제질로 변경되어 100g 의 감량을 하고 잇다.

점화쪽도 보다 부드럽고 민첩한 리스폰스를 발휘하도록 ECU 가 리-프로그래밍 되었으며, ECU 자체의 디자인도 보다 심플하게 변경되어 100g 가벼워져 차량 경량화에 일조하고 있다.

새로운 배기시스템은 티타늄과 스테인레스스틸 제질로 이루어져 있으며, 파이프에서 600g 의 경량화를, 배기디바이스 H-TEV 에서 480g 의 경량화를, 센터-업 사일렌서에서 380g 의 경량화를 이루어, 배기시스템에서 상당한 중량감소를 이루어내고 있다.

사일렌서의 디자인도 변경되었음을 알 수 있다.

프런트 브레이크 시스템은 디스크의 크기가 310mm 에서 320mm 로 확장되었으며, 늘어난 직경만큼의 무게 증가를 우려, 디스크의 두깨를 5mm 에서 4.5mm 로 줄였으며, 최종적으로 브레이크계통에서 300g 의 중량을 감소시켰다

미션의 변화는 없지만, 리어 드라이브 스프로킷(대기어)의 이빨수를 40T 에서 42T 로 늘려서 각 기어단수에서 보다 빠른 가속력을 얻어낼수 있도록 하고 있다.

계기반의 레드죤이 11,650RPM에서 12,200RPM 으로 늘어났으며, 14,000까지 표기하고 있음을 알 수 있다. 계기반 숫자판의 모양도 다소 변화되었다.

1000RR 에 처음채용되었던 전자식 스티어링 댐퍼인 HESD(Honda Electronic Steering Damper)는 06년식에서도 그대로 이어지고 있다. 작동품질을 다소 향상시켰다고 한다.

HESD 는 차량의 속도에 따라 ECU 가 댐퍼의 감쇠력을 전자적으로 제어하여서, 저속에서는 경쾌한 핸들링에 방해가 되지 않도록 부드럽게, 고속에서는 다소 하드하게 자동적으로 조절되는 장치이다.

라이트와 어퍼카울쪽의 부분이 다소 변경되어 이전모델과 다소 다른 인상을 풍긴다.